La plateforme iMAP utilise principalement du tissus FFPE (Fixed Formalin Paraffin embedded Tissue) pour réaliser ses études en imagerie par spectrométrie de masse (MSI). Cette technique permet de réaliser des analyses moléculaires sur coupes de tissus. Sur la plateforme iMAP, des analyses protéomiques sont effectuées à l’aide d’un RapifleX (MALDI-TOF). Malgré un réel avantage spatial afin d’obtenir une cartographie moléculaire, la MSI ne permet pas d’avoir une caractérisation précise des protéines ciblées. En effet, cette technique d’analyse en MALDI-TOF ne permet pas de réaliser de technique de séparation des molécules en amont des images et limite donc des analyses MS/MS in situ. Pour cela, iMAP souhaite donc développer un protocole d’imagerie immunohistochimique (IHC) MALDIMS multiplexée. Cette technique permet d’allier la spécificité des immunohistochimies et l’analyse d’un grand nombre de biomarqueurs via l’utilisation de la spectrométrie de masse.

L’objectif de ce stage (de 4 à 6 mois) sera donc de mettre en place le protocole MALDI HiPLEX-IHC selon les recommandations du fournisseur et de l’adapter aux échantillons analysés au sein de la plateforme iMAP. Le protocole pourra être appliqué à des études de cas selon l’avancée des mises au point.

Quelques missions annexes seront également proposées pour la mise en place du protocole dans le cadre du système de management ISO 9001 de la plateforme. Le protocole développé pendant ce stage sera notamment à inclure au sein du processus recherche d’iMAP. Dans ce cadre, la tenue stricte d’un cahier de laboratoire ainsi que l’évaluation de la reproductibilité des protocoles sera d’une grande importance.

Référence : G. Yagnik, Z. Liu, K. J. Rothschild, et M. J. Lim, « Highly Multiplexed Immunohistochemical MALDI-MS Imaging of Biomarkers in Tissues », J. Am. Soc. Mass Spectrom., févr. 2021, doi: 10.1021/jasms.0c00473.

https://www.bruker.com/en/landingpages/bdal/maldi-hiplex-ihc.html

PRESENTATION DE LA PLATEFORME IMAP

La plateforme iMAP appartient à l’UMR 1149, Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI), est adossée à l’équipe de recherche « De l’inflammation au cancer dans les maladies digestives » située sur le site de l’hôpital Beaujon à Clichy la garenne et travaille en collaboration avec le service d’anatomopathologie de l’hôpital Beaujon. iMAP est une plateforme d’imagerie par spectrométrie de masse qui propose une expertise et des expérimentations sur tissus congelés ou fixés pour des analyses de protéomique in situ. Pour cela, nous disposons du matériel nécessaire à la réalisation des coupes tissulaires (cryomicrotome, microtome), du traitement des lames en fonction des analyses recherchées, des acquisitions des données par spectrométrie de masse (MALDI-TOF : Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation – Time Of Flight) ainsi que pour le traitement statistique des données. iMAP est également engagée dans une démarche qualité ISO9001 et développe donc ses protocoles en adéquation avec cette méthodologie.

Contacts : • Hélène Cazier : helene.cazier@inserm.fr