• Équipe : Paradis / Couvineau
  • Date de début : 19 janvier 2023
  • Date de fin : 28 février 2023
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Détails de l'offre

La plateforme iMAP utilise principalement du tissus FFPE (Fixed Formalin Paraffin embedded Tissue) pour réaliser ses études en imagerie par spectrométrie de masse (MSI). Cette technique permet de réaliser des analyses moléculaires sur coupes de tissus. Sur la plateforme iMAP, des analyses protéomiques sont effectuées à l’aide d’un RapifleX (MALDI-TOF). Malgré un réel avantage spatial pour la cartographie des molécules, la complémentarité d’autres techniques comme la LC-MS (Liquid Chromatography – Mass Spectrometry) est grandement appréciée afin d’obtenir une caractérisation précise de nos échantillons. Les tissus FFPE utilisés permettent de générer de grandes bases de données pour la réalisation d’analyses génomiques, d’études immunohistochimiques, colorimétriques ou encore en MSI, mais compliquent ces analyses de protéomique de type LC-MS. En effet, la fixation au formol et l’enrobage en paraffine de ces échantillons limitent l’extraction des protéines du tissu. Pour cela, iMAP a donc développé un protocole permettant l’extraction de protéines sur des tissus FFPE afin de pouvoir les caractériser par la suite en LC-MS.

Le premier objectif de ce stage (de 4 à 6 mois) sera donc de mettre en place au sein de la plateforme iMAP un protocole permettant d’analyser en LC-MS des extraits protéiques obtenus à partir de tissus FFPE. Une fois le protocole optimisé et la répétabilité et la reproductibilité évaluées, le second objectif sera de créer un worflow ayant pour but de microdisséquer des zones tissulaires préalablement ciblées en MSI puis d’en extraire les protéines afin de les analyser en LC-MS/MS à partir du protocole nouvellement développé. Ainsi iMAP pourra proposer des prestations alliant biodistribution et caractérisation structurale.

Quelques missions annexes seront également proposées pour la mise en place du protocole dans le cadre du système de management ISO 9001 de la plateforme. Le protocole développé pendant ce stage sera notamment à inclure au sein du processus recherche d’iMAP. Dans ce cadre, la tenue stricte d’un cahier de laboratoire ainsi que l’évaluation de la reproductibilité des protocoles sera d’une grande importance.

 

PRESENTATION DE LA PLATEFORME IMAP

La plateforme iMAP appartient à l’UMR 1149, Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI), est adossée à l’équipe de recherche « De l’inflammation au cancer dans les maladies digestives » située sur le site de l’hôpital Beaujon à Clichy la garenne et travaille en collaboration avec le service d’anatomopathologie de l’hôpital Beaujon. iMAP est une plateforme d’imagerie par spectrométrie de masse qui propose une expertise et des expérimentations sur tissus congelés ou fixés pour des analyses de protéomique in situ. Pour cela, nous disposons du matériel nécessaire à la réalisation des coupes tissulaires (cryomicrotome, microtome), du traitement des lames en fonction des analyses recherchées, des acquisitions des données par spectrométrie de masse (MALDI-TOF : Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation – Time Of Flight) ainsi que pour le traitement statistique des données. iMAP est également engagée dans une démarche qualité ISO9001 et développe donc ses protocoles en adéquation avec cette méthodologie.

Contacts : • Hélène Cazier : helene.cazier@inserm.fr